北京地区侵染茄子的番茄斑萎病毒分子鉴定与分析_田文.pdf

nullnullnullnullnull nullnull null nullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 收稿日期 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 修订日期 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 基金项目 null 北京市农林科学院科技创新能力建设专项 nullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnull 北京市农林科学院青年科研基金 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null 通信作者 null nullnullnullnullnull 邱艳红 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 徐秀兰 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 北京地区侵染茄子的番茄斑萎病毒分子鉴定与分析 田 null 文 null null null 邱艳红 nullnull null 秦文韬 null null 张海军 null null 王德欣 null null 李龙飞 null 贾志杨 null null 徐秀兰 nullnull nullnull北京市农林科学院蔬菜研究所 北京 nullnullnullnullnullnullnull nullnull中国科学院微生物研究所 北京 nullnullnullnullnullnullnull nullnull北京市农林科学院植物保护研究所 北京 nullnullnullnullnullnullnull nullnull京研益农 北京 种业科技有限公司 北京 nullnullnullnullnullnullnull 摘要 null 调查发现北京地区一温室栽培茄子 nullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 出现严重病毒病 利用基于小 nullnullnull的高通量测 序技术和 nullnull nullnullnullnull 方法 明确了引起茄子病害的病毒种类为番茄斑萎病毒 将其命名为 nullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnull 分离物 进一步克隆了该病毒的基因组全长 null nullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnull 并构建其系统发育树 结果表明 该分离物的 null nullnullnull与美国分离物亲缘关系较近 nullnullnullnullnull与中国分离物亲缘关系较近 而 nullnullnullnullnull与韩国分离物亲缘关系较近 因此 本研究发现的 nullnullnullnull分离物与国内已发生报道的分离物不同 该分离物是否存在不同分离物之间基因组的 重组需要进一步研究 关键词 null 番茄斑萎病毒 null 茄子 null 高通量测序 中图分类号 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 文献标识码 nullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnull null nullnullnullnullnullnullnullnull null null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnull null nullnull null null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnull null nullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnull null nullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnull null nullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnull null nullnullnullnullnull nullnull null nullnullnullnullnullnullnull null null null nullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnull null nullnullnullnullnull nullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null null null nullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull 茄子 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 属茄科 nullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull 是我国重要的蔬菜作物 在全国各地区均有种 植 也是我国北方设施栽培的主要蔬菜之一 null 近 来 茄子病毒病发生严重 多种病毒可侵染茄子 null 如番茄褪绿病毒 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnull 可 引起茄子叶片出现褪绿黄化症状 null 烟草轻型绿花 叶病毒 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnull 和 番茄斑驳花叶病毒 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnull nullnull 共同侵染引起茄子花瓣深紫色斑驳症状 null 番茄 斑 萎 病 毒 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull卷第 null期 田文等 北京地区侵染茄子的番茄斑萎病毒分子鉴定与分析 nullnullnullnull 属于番茄斑萎病毒科 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 正番茄 斑萎 病 毒 属 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 基 因 组 由 null 条 单 链 nullnullnull 组成 包含 nullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnull 其中 nullnullnullnullnull 的互补链编码 依赖于 nullnullnull 的 nullnullnull 聚合酶 nullnullnullnull nullnullnullnullnull 编码 非结构蛋白 nullnullnull 其互补链编码两个重要的糖蛋白 nullnull 和 nullnull nullnullnullnullnull 编码非结构蛋白 nullnullnull 其互补链 编码核衣壳蛋白 null null 其中 核衣壳蛋白 null 的氨基 酸序列是正番茄斑萎病毒属的重要分类依据 通常 氨基酸同源性在 nullnullnull 以上为同种病毒 nullnullnull nullnullnullnull 寄主范围广泛 可侵染 nullnullnullnullnull 多种植物 null 是危害农 业生产的一种全球性重要病毒 也是世界十大严重 危害性植物病毒之一 null 近几年 北京地区番茄斑萎病毒发生严重 在番 茄 nullnull 辣椒 nullnullnullnullnull 莴苣 nullnull 水芹 nullnull 以及菊花 nullnull 上均 有发生 nullnullnullnull 年 北京市海淀区一温室内的茄子上 出现疑似病毒侵染症状 本研究利用基于小 nullnullnull 的高通量测序技术以及 nullnullnullnullnullnull 方法鉴定了危害茄 子的病毒种类 并进一步对该病毒的基因组序列进行 了分析 本研究为有效防控茄子病害提供理论基础 nullnull 材料与方法 nullnullnullnull 试验材料 nullnullnullnull 年 从北京海淀区一温室大棚采集了 null 份 疑似感染病毒的茄子样品 拍照后保存于 nullnullnullnull 冰 箱备用 阳性对照样本由北京市农林科学院蔬菜研 究所实验室保存 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 购自英潍捷基 上海 贸易有限 公司 一步法 nullnullnullnullnullnull 试剂盒 nullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnull nullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnull 和 nullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnull 购自南京诺唯赞生物科技股份有 限公司 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 购于宝日医生物技术 北京 有限公 司 琼脂糖凝胶快速回收试剂盒购于天根生化科技 北京 有限公司 nullnullnullnull 高通量测序与小 nullnullnull 分析 利用 nullnullnullnullnullnull 法对所采集的 null 份茄子病样进行植 物总 nullnullnull 提取 利用 nullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnull 紫外分光 光度计 赛默飞世尔科技公司 测定 nullnullnull 浓度 并 选取 null 个浓度较高的 nullnullnull 样品混合后作为一个模 板 委托华大基因进行文库构建和高通量测序 测 序平台为 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnull 将测序数据 nullnullnull nullnullnullnull 经过过滤 组装所获得的 nullnullnullnullnullnullnull 与 nullnullnullnull 数据 库进行比对分析 短序列采用 nullnullnullnullnullnull 软件 nullnullnullnullnull 值 设为 nullnull nullnull 进行组装拼接 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 检测 以提取的叶片总 nullnullnull 为模板 利用 nullnullnullnull 特 异性检测引物 采用 nullnullnullnullnullnullnullnull null null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnull 对所采集的样品进行 nullnullnullnullnullnull 检测 具体引物信息见表 null 表 null null 番茄斑萎病毒的引物信息 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 引物名称 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 基因 nullnullnullnull 序列 nullnull nullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnull 长度 null null nullnullnullnullnullnull 参考文献 nullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnull 本研究 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnull 全长克隆及测序 以茄子样品的总 nullnullnull 为模板 根据小 nullnullnull 测 序拼接得到的病毒核苷酸序列设计 nullnullnullnull 引物 利 用 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnull 对 nullnullnullnull 的 nullnullnullnullnull nullnullnullnullnull 和 nullnullnullnullnull 进行扩增 具体引物信息见表 null 其中 nullnullnullnullnull 采用 nullnullnull nullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 进行全长扩增 nullnullnullnullnull 采用 null 对引物分段进行扩增 分别为 nullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 和 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnull 同样也采用 null 对引物分段进行扩增 分别 为 nullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 和 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnull 扩增后进行序列拼接 扩增产物用 琼脂糖凝胶快速回收试剂盒纯化 并克隆至载体 nullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 上 转化至感受态细胞 nullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 南京诺唯赞生物科技股份有限 公司 中 将菌液 nullnullnull 鉴定为阳性的样品送至北京 六合华大基因科技股份有限公司进行测序 nullnullnullnull 序列分析 利用 nullnullnullnullnullnullnullnull 软件对序列进行分析和拼 接 利用 nullnullnullnullnull 进行同源序列检索 采用 nullnullnullnullnullnullnull null 算法进行多序列比对 并利用 nullnullnullnullnullnullnullnull 软件基 于邻接法 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull 构建系统发育树 nullnullnullnullnullnullnullnullnull 值设为 nullnullnullnullnull nullnull 结果与分析 nullnullnullnull 田间病株症状以及高通量测序结果 nullnullnullnull 年 null 月 在北京海淀区的一个温室内发现 很多茄子植株出现矮化症状 叶片上伴随着褪绿 斑 驳和花叶等症状 且一些发病植株的茄子果实表面 凹凸不平 图 nullnull 随机采集发病的茄子植株 null 份 带回实验室进行检测 通过高通量测序后 获