内蒙古赤峰地区辣椒病毒种类鉴定及其遗传进化特征.pdf

周艳芳 王秀芝 张晓梅 等 内蒙古赤峰地区辣椒病毒种类鉴定及其遗传进化特征 J 福建农业学报 2024 39 7 819 825 ZHOU Y F WANG X Z ZHANG X M et al Identification and Genetic Evolution of Viruses Infecting Chili Peppers at Chifeng Inner Mongolia J Fujian Journal of Agricultural Sciences 2024 39 7 819 825 内蒙古赤峰地区辣椒病毒种类鉴定及其遗传进化特征 周艳芳1 王秀芝1 张晓梅1 罗香文2 刘泽红3 崔聪聪1 孟令强1 孙军玲1 1 赤峰市农牧科学研究所 内蒙古 赤峰 024031 2 湖南省农业科学院 湖南 长沙 410125 3 湖南省慈利县 高峰土家族乡农业综合服务中心 湖南 张家界 427205 摘 要 目的 系统检测内蒙古赤峰市辣椒主产区病毒发生种类 并分析病毒的遗传分化情况 以期为该地区辣 椒病毒病精准防控提供理论依据 方法 从内蒙古赤峰地区4个辣椒主产区采集疑似病毒侵染的辣椒样本 47份 采用sRNA高通量测序技术结合生物信息学分析 以及常规RT PCR检测 明确侵染辣椒的病毒种类及复合 侵染情况 采用常规Sanger测序测定常规RT PCR扩增片段序列 进行遗传进化分析 结果 内蒙古赤峰地区 4个辣椒主产区辣椒混合病样的sRNA高通量测序 共检测到6种病毒 常规RT PCR共验证到其中4种病毒 4个 地区病毒种类存在明显差异 松山区城子乡优势种类为蚕豆萎蔫病毒2 Broad bean wilt virus 2 BBWV2 和马铃薯 Y病毒 Potato virus Y PVY 喀喇沁旗锦山镇为PVY和辣椒轻斑驳病毒 Pepper mild mottle virus PMMoV 宁 城县和喀喇沁旗西桥镇为BBWV2 复合侵染类型以2种病毒复合侵染为主 复合侵染率最高达61 54 对测定的 序列系统发育分析表明 赤峰地区4个辣椒产区的PMMoV和BBWV2存在遗传分化 PVY可能出现了新的遗传 型 结论 内蒙古赤峰地区不同辣椒主产区发生的病毒种类 检出率和病毒复合侵染种类均存在明显差异 关键词 内蒙古赤峰地区 辣椒病毒病 sRNA高通量测序 RT PCR 复合侵染 系统发育分析 中图分类号 S436 418 1 2文献标志码 A文章编号 1008 0384 2024 07 0819 07 Identification and Genetic Evolution of Viruses Infecting Chili Peppers at Chifeng Inner Mongolia ZHOU Yanfang1 WANG Xiuzhi1 ZHANG Xiaomei1 LUO Xiangwen2 LIU Zehong3 CUI Congcong1 MENG Lingqiang1 SUN Junling1 1 Chifeng Academy of Agricultural and Animal Science of Inner Mongolia Chifeng Inner Mongolia 024031 China 2 Hunan Academy of Agricultural Science Changsha Hunan 410125 China 3 Rural integrated Service Center of Gaofeng Tujia Village of Cili County of Hunan Province Zhangjiajie Hunan 427205 China Abstract Objective Viruses that infected chili pepper crops in Chifeng City Inner Mongolia were identified and their genetic relationship analyzed Methods The 47 infected chili pepper plants at 4 major producing areas in Chifeng City were diagnosed and viruses identified by sRNA high throughput sequencing with bioinformatic analysis and RT PCR Fragments of RT PCR were sequenced using the Sanger method to conduct a phylogenetic analysis with the MEGA software Results Six viruses were identified by sRNA high throughput sequencing Of which 4 were re verified by RT PCR The dominant viruses infecting the 4 regions differed significantly They were Broad bean wilt virus 2 BBWV2 and Potato virus Y PVY in Chengzi County of Songshang District PVY and Pepper mild mottle virus PMMoV in Jinshan County of Kalaqin District and BBWV2 in Ningcheng County and Xiqiao County of kalaqin District When the infection was caused by multiple viruses it was mostly by two major pathogens and had the highest rate of occurrence at 61 54 The phylogenetic analysis on the sequenced nucleotides of the viruses showed distinctive genetic differences between PMMoV and BBWV2 and possibly PVY of a novel genetic type Conclusion There are significant differences in the types of viruses detection rates 收稿日期 2023 10 28 修回日期 2024 01 11 作者简介 周艳芳 1986 女 硕士 副研究员 主要从事植物病虫害研究 E mail yecaode 通信作者 王秀芝 1964 女 研究员 主要从事辣椒新品种选育研究 E mail yzhdx 基金项目 国家大宗蔬菜产业技术体系赤峰综合试验站 CARS 23 G21 湖南省自然科学基金 2021JJ30415 国家自然科学基金 32072383 湖南省科技创新项目 2022CX08 2023CX39 福建农业学报 2024 39 7 819 825 Fujian Journal of Agricultural Sciences doi 10 19303 j issn 1008 0384 2024 07 009 and types of virus co infections that occur in different chili production areas of Chifeng City in Inner Mongolia Key words Chifeng City of Inner Mongolia chili pepper viral disease sRNA sequencing RT PCR multiple species infection phylogenetic analysis 0 引言 研究意义 辣椒 Capsicum annuum 是内蒙 古蔬菜生产中单一种植面积最大的蔬菜种类 且种 植面积仍在快速增长 1 2 一直以来辣椒病毒病是内 蒙古辣椒生产过程中最主要的病害 不但影响辣椒 的产量 而且对辣椒商品性也造成严重影响 降低 辣椒生产的种植效益 2 研究明确侵染辣椒的病毒种 类 可为辣椒病毒病的精准防控提供科学依据 前人研究进展 生产上 辣椒病毒种类多且复合 侵染现象十分普遍 因此仅根据辣椒发病症状 很 难确定侵染病毒种类 3 据报道侵染我国辣椒的病毒 种类较多 主要包括黄瓜花叶病毒属 Cucumovirus 烟草花叶病毒属 Tobamovirus 马铃薯X病毒属 Potexvirus 马铃薯Y病毒属 Potyvirus 马铃 薯卷叶病毒属 Polerovirus 和蚕豆病毒属 Fabavirus 的病毒 4 目前我国报道的侵染辣椒的病毒种类已 达33种 最多有8种病毒复合侵染 4 此外 随着 sRNA高通量测序技术等应用于辣椒病毒检测 一些 新发病毒种类被陆续发现并报道 如利用该技术 研究发现广东 贵州和湖南等省的部分辣椒主产区 的新发病毒种类如辣椒斑驳病毒 Pepper mottle virus PepMoV 辣椒脉黄病毒 Pepper veinal yellows virus PeVYV 等成为优势病毒种类 4 8 本研究切 入点 现有研究表明 内蒙古辣椒主产区的主要病 毒原种类 与我国其他地区存在明显差异 4 9 然而 内蒙古辣椒主产区的主要病毒种类并不明确 拟 解决的关键问题 采集内蒙古赤峰市4个辣椒主产 区具有不同病毒症状的辣椒样本 采用sRNA深度 测序技术系统分析辣椒病毒种类 应用RT PCR特异 性检测结合常规Sanger 测序法测定PCR 扩增片段序 列 分析测定序列的分子特征 鉴定辣椒病毒种 类 以期明确辣椒病毒的遗传进化特征 为辣椒病 毒病的精准防治提供科学依据 1 材料与方法 1 1 材料 2021年6 10月于内蒙古自治区赤峰市的宁城县 标记为 NC 12个样本 喀喇沁旗西桥镇 标记为 XQ 10个样本 松山区城子乡 标 记为 CZ 13个样本 和喀喇沁旗锦山镇 标记为 KQ 12个样本 采集疑似病毒侵染的辣椒样 本 采集辣椒样本的典型症状包括植株矮化 叶片 畸形 黄化 花叶 斑驳等 所有样本用液氮速 冻 保存于 80 超低温冰箱 1 2 方法 1 2 1 sRNA测序与分析 将每个地区的辣椒样本取等量混合 抽提总 RNA 委托上海欧易生物科技有限公司利用Illumina HiSeq2000测序平台进行sRNA高通量测序 原始测 序数据 raw reads 去接头 去污染和去除低质量序 列处理得到高质量序列 采用Bowtie软件 10 去除非 编码RNA ncRNA 以及重复序列 Repbase 采 用Velvet软件 https www merriam tionary velvet 拼接序列为contig 然后采用Blast比 对算法 利用GenBank Virus Ref Seq核酸数据库 Virus RefSeq Nucleotide https www ncbi nlm nih gov refseq 进行比对和注释 1 2 2 RT PCR验证辣椒病毒种类 取辣椒样本叶片0 1 g 加入液氮研磨 解冻前 加入Trizol溶液1 mL 转入1 5 mL离心管 涡旋混 匀 离心取上清 加入氯仿 离心后去上清 异丙 醇沉淀总RNA 保存于 80 冰箱备用 以抽提总 RNA为模板合成cDNA cDNA第一链合成采用1st Strand cDNA Synthesis试剂盒 Takara PCR扩增 采用KOD DNA polymerase Toyobo 具体参数参 考说明书 采用马铃薯Y病毒 Potato virus Y PVY 蚕豆萎蔫病毒2 Broad bean wilt virus 2 BBWV2 辣椒轻斑驳病毒 Pepper mild mottle virus PMMoV 昆虫类裸露核酸病毒1 Insect narna like virus 1 INLV 的特异性引物 4 进行 反应 体系 20 L 包括PCR Buffer 5 L 上游 下游引物 10 mol L 1 各0 2 L dNTP Mix 1 0 L 总RNA 1 0 L DNA聚合酶1 0 L 加ddH2O至20 L PCR反应程序 95 预变性2 min 95 30 s 55 58 15 s 72 1 min 35个循环 最后72 延伸10 min 采用MiniBEST Agarose Gel DNA纯化 试剂盒 Takara PCR产物并克隆到pEASY T5载 体 重组载体送生工生物工程 上海 股份有限公 司测序 1 2 3 辣椒病毒遗传进化特征 测定序列采用DNAstar 5 0软件中的Seqman 进行拼接 序列同源性分析采用Genbank的nblast进 820福建农业学报第 39 卷 行在线分析 https blast ncbi nlm nih gov Blast cgi 采用 MEGA v11软件对测定序列构建Nerghbor Joining系统发育树 置信度重复次数为1 000 11 分析辣椒病毒遗传进化特征 2 结果与分析 2 1 sRNA深度测序分析 2 1 1 sRNA深度测序数据分析 内蒙古4个地区的辣椒样本 按地区进行混合 为4个测序样本 4个测序样本经sRNA深度测序 获得607 671 M数据 表1 测序sRNA长度介 于18 30 bp 主要集中在21 24 bp 图1 测定 序列经过拼接 在NCBI 病毒数据库进行比对 比 对上的病毒包括PVY 向日葵褪绿斑驳病毒 Sunflower chlorotic mottle virus SCMV 甘薯G病 毒 Sweet potato virus G SPVG BBWV2 PMMoV INLV等6个 表 1 sRNA测序数据质量 Table 1 Quality of data obtained by sRNA 样本 编号 Sample No 原始 读数量 Reads M 原始 序列量 Bases M GC含量 GC content 质量值 Q30 片段数量 Contig number 片段长 度中值 Contig N50 bp 城子乡 CZ 12 14 607 52 34 97 45 284 157 锦山镇 KQ 13 34 667 48 28 97 46 394 182 宁城县 NC 13 43 671 51 06 97 37 276 168 西桥镇 XQ 12 80 640 51 64 97 60 258 146 Q30 Phred 数值大于 30 的碱基占总体碱基的百分比 Q30 ratio of bases of Phred number over 30 in total bases 0 5 10 15 20 25 30 35 40 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 sRNA 比例 sRNA ratio sRNA长度 sRNA length bp 西桥镇 XQ锦山镇 KQ 城子乡 CZ宁城县 NC 图 1 sRNA长度分布 Fig 1 Distribution of sRNA length 2 2 RT PCR验证辣椒病毒种类 2 2 1 辣椒样本病毒检出率 为进一步检测验证sRNA高通量测序结果 明确 病毒发生种类 用病毒特异性引物对每一份辣椒 样本进行常规RT PCR检测 采集的辣椒样本中 共检出4种病毒 包括PMMoV BBWV2 PVY和 INCV 表2 其中 松山区城子乡 CZ 检出 3种病毒 BBWV2检出率最高 检出率达92 31 其次为PMMoV 检出率为61 54 INLV检出率最 低 为23 08 喀喇沁旗锦山镇 KQ 的优势病毒 种类为PVY 检出率高达83 33 其次为PMMoV 和BBWV2 检出率分别为58 33 41 67 宁城县 NC 检出2种病毒 优势种类为BBWV2 检出率 为58 33 其次为PMMoV 检出率为25 喀喇沁 旗西桥镇 XQ 检出2种病毒 BBWV2和PMMoV 检出率分别为30 00 和20 00 表 2 辣椒病毒检出率 Table 2 Positive viral detection rate on chili pepper plants 采样地点 Sampling site 辣椒样本病毒检出率 Rates of positive detection of viruses in pepper plants SPVG PMMoV BBWV2 PVY INLV SCMV 城子乡 CZ 0 61 54 92 31 0 23 08 0 锦山镇 KQ 0 58 33 41 67 83 33 0 0 宁城县 NC 0 25 00 58 33 0 0 0 西桥镇 XQ 0 20 00 30 00 0 0 0 2 2 2 辣椒病毒复合侵染种类及侵染率 辣椒病毒复合侵染种类及复合侵染率结果表明 表3 内蒙古赤峰地区辣椒病毒主要以2种病毒 复合侵染为主 2个地区存在3种病毒复合侵染类 型 其中 松山区城子乡 CZ BBWV2和PMMoV 复合侵染检出率为61 54 BBWV2和INCV复合侵 染为23 08 BBWV2 INCV和PMMoV三者复合 侵染率为23 08 喀喇沁旗锦山镇 KQ 存在4种 病毒复合侵染类型 PMMoV和PVY复合侵染率最 高 检出率达58 33 PMMoV BBWV2和PVY三 者复合侵染率为25 00 宁城县 NC 和喀喇沁旗 西桥镇 XQ 仅有PMMoV和BBWV2复合侵染 第 7 期周艳芳等 内蒙古赤峰地区辣椒病毒种类鉴定及其遗传进化特征821 复合侵染率分别为25 00 和15 38 2 3 辣椒病毒遗传进化特征 每个地区的每种病毒选取2 3个PCR产物进行 测序 测定序列在NCBI中进行nblast比对 选取不 同区域的病毒分离物序列进行聚类分析 BBWV2 RNA依赖的RNA聚合酶基因 RdRP 部分核苷酸 序列聚类分析结果表明 图2 内蒙古赤峰地区 4个辣椒产区的BBWV2可以分为2个亚簇 其中亚 簇I与国内外的分离物聚类一簇 而亚簇II单独聚 类一簇 存在明显的分化趋势 PMMoV的CP基因 部分核苷酸序列的聚类分析结果表明 图3 与 BBWV2的趋势类似 也存在明显分化趋势 可以分 为两个亚簇 喀喇沁旗锦山镇 KQ 分离物与我国 云南和甘肃分离物 欧洲的斯洛文尼亚 Slovenia 南美洲的厄瓜多尔 Ecaudor 聚为亚簇II 赤峰地 区其他3个产区分离物与东南亚的越南 韩国和日 本以及美洲的墨西哥 加拿大 欧洲意大利分离物 聚为亚簇I PVY的CP基因部分核苷酸序列的聚类 分析结果 图4 表明 内蒙古赤峰地区喀喇沁旗锦 山镇 KQ 辣椒产区的PVY分离物 与我国其他地 区的PVY分离物存在明显的遗传差异 且2个 KQ分离物之间存在遗传分化 KQ591 92 74 7872 85 49 69 66 42 52 90 43 11 53 41 0 1 KQ2 CZ4 XQ9 KQ6 XQ8 XQ10 NC1 NC4 BB5 KC625493 韩国 South Korea Anhui KY606992 S Anhui China Hunan KJ789403 S 2 Hunan China Ja AB013615 日本 Japan PV 0537 OP722589 德国 Germany BIFXH OQ857921 中国北京 Beijing China Am JX575182 中国山西 Shanxi China Yunnan MW271031 中国云南 Yunnan China Sin NC003004 新加坡 Singapore CZ1 C7399 XJ14 3 FN985164 中国新疆 Xinjiang China DSMZ PV 0066 OP722588 美国The United States BBWV2 RNA1 MH645159 英国The United Kingdom 图 2 BBWV2 RNA依赖的RNA聚合酶基因部分核苷酸序列系统发育分析 Fig 2 Phylogenetic analysis on partial nucleotide sequence of RNA dependent RNA polymerase gene of BBWV2 3 讨论与结论 本研究采用sRNA高通量测序结合RT PCR 检 测了内蒙古赤峰市辣椒主产区病毒种类 并分析了 遗传进化特征 研究结果表明 内蒙古赤峰地区辣 椒的病毒优势种类为PMMoV和BBWV2 不同产区 的辣椒病毒种类具有明显差异 且辣椒病毒复合侵 染非常普遍 该研究结果为该地区辣椒病毒病的精 表 3 辣椒病毒复合侵染率 Table 3 Occurrence rate of multiple viruses infection on chili pepper plants 采样地点 Sampling site 病毒复合侵染种类 Viruses of fused infection 病毒检出率 Rates of positive detection of viruses 城子乡 CZ BBWV2 PMMoV 61 54 BBWV2 INLV 23 08 BBWV2 INLV PMMoV 23 08 锦山镇 KQ PMMoV BBWV2 41 67 PMMoV PVY 58 33 BBWV2 PVY 41 67 PMMoV BBWV2 PVY 25 00 宁城县 NC PMMoV BBWV2 25 00 西桥镇 XQ PMMoV BBWV2 15 38 822福建农业学报第 39 卷 准防控提供科学依据 sRNA高通量测序技术应用于病毒鉴定 具有同 时鉴定多种病毒复合侵染的优势 4 8 12 13 本研究采用 sRNA高通量测序结合序列分析 采集的辣椒样本 中 检测出PVY SCMV SPVG BBWV2 PMMoV INLV等6种病毒 然而 常规RT PCR仅检测到 4种病毒 经过分析sRNA测定的序列 发现与 SCMV和SPVG病毒基因组序列同源性高的片段 分别只有1个序列片段 将这两个序列片段在NCBI 采用nblast进行比对 发现其与PVY的同源性最 高 推测可能由于采用Velvet进行序列比对分析时 设定的序列同源性阈值较低所致 内蒙古赤峰地区侵染4个辣椒主产区的病毒常 规RT PCR扩增的核苷酸序列聚类分析表明 侵染该 地区辣椒的BBWV2和PMMoV可聚为2个亚簇 2个PVY分离物分布在单独发育支 说明该地区的 辣椒病毒存在明显株系分化 蔬菜病毒的前期研究 表明 蔬菜病毒的基因组遗传进化 对于蔬菜病毒 的适应性进化起到重要作用 14 16 也是蔬菜病毒快 速扩散的重要原因 17 18 不同国家的30多个BBWV2 的基因组核苷酸序列分析表明 BBWV2基因组核苷 酸多态性 Nucleotide diversity 高 聚类分析结果显 示 没有明显的遗传分化 19 与该研究结果类似 赤峰地区3个辣椒产区的BBWV2与其他国家包括美 国 英国 德国 日本等的分离株聚为一个亚簇 此外 本研究发现 赤峰地区的一个辣椒产区松山 区城子乡 CZ 的BBWV2分离物出现遗传分化 表明BBWV2也存在遗传分化的可能 后续将克隆该 产区BBWV2的全基因组 并进行相关遗传进化分 析 为BBWV2的适应性进化分子机制提供理论依 据 PMMoV传播方式多样 在世界多国的辣椒主产 区快速扩展危害 其基因组遗传变异速度非常快 几乎达到了动物RNA病毒基因组变异速度 20 本研究表明 赤峰地区4个辣椒产区的PMMoV存在 明显遗传分化 也证明了PMMoV遗传变异速度 快 这也可能是PMMoV快速扩展的分子机制 PVY 在长期与寄主互作中 其遗传分化明显 21 本研究 发现赤峰地区的PVY分离物可能是一个新的遗传类 型 该结果需要进一步的分子验证 后续将深入研 究内蒙古赤峰地区辣椒病毒不同株系的致病性及其 分子机制 为分析辣椒这几类辣椒病毒的适应性分 子机制提供理论依据 蔬菜生产上 多种蔬菜病毒复合侵染的现象普 遍存在 其产生症状通常比单一病毒侵染更重 造 94 NC4 NC1 CZ3 CZ1 XQ6 XQ8 Kiss 86 1 OK558736 加拿大 Canada 73 56 45 73 58 88 65 74 56 69 KQ2 KQ465 57 59 0 002 14 12 MT130392 黑西哥 Mexico Iw AB254821 日本 Japan PMMV1 2 AJ429088 意大利 Italy P 60 09 KC288151 塞尔维亚 Serbia G07 ON557629 韩国 South Korea VPCP MW012414 越南 Vietnam XJ MT733325 中国新疆 Xinjiang China LNGZpepMC KY234298 中国辽宁 Liaoning China BJ KX883724 中国北京 Beijing China I T MT665963 秘鲁 Peru CTS36 1 OQ198320 中国甘肃 Gansu China WW17 MN167901 斯洛文尼亚 Slovenia WsCa MW291543 厄瓜多尔 Ecuador QJ MK784568 中国云南 Yunnan China 图 3 PMMoV CP基因部分核苷酸序列系统发育分析 Fig 3 Phylogenetic analysis on partial nucleotide sequence of CP gene of PMMoV 第 7 期周艳芳等 内蒙古赤峰地区辣椒病毒种类鉴定及其遗传进化特征823 成的损失也更大 4 22 25 研究表明 菜豆荚斑驳病毒 Bean pod mottle virus BPMV 和大豆花叶病毒 Soybean mosaic virus SMV 复合侵染 促进传毒 介体扩散病毒和侵染寄主 26 蔬菜病毒复合侵染 对于蔬菜病毒的侵染 传播和扩散等方面存在互惠 作用 这种现象可能普遍存在且呈现上升态势 27 28 本研究表明 赤峰地区4个辣椒产区 侵染辣椒的 病毒复合侵染以2种为主 不同地区存在明显差 异 该研究结果为制定区域性辣椒病毒病精准综合 防控技术提供科学依据 参考文献 崔聪聪 王秀芝 张晓梅 等 赤峰市露地辣椒生产情况及经济效益 调查分析 J 现代农业科技 2018 24 92 93 95 CUI C C WANG X Z ZHANG X M et al Investigation and analysis on the production situation and economic benefit of pepper in Chifeng city J Modern Agricultural Science and Technology 2018 24 92 93 95 in Chinese 1 张晓梅 王秀芝 崔聪聪 等 2018年赤峰地区设施辣椒生产与市场 情况分析 J 中国蔬菜 2019 3 89 92 ZHANG X M WANG X Z CUI C C et al Production and market analysis of protected pepper in Chifeng area in 2018 J China Vegetables 2019 3 89 92 in Chinese 2 柴阿丽 陈利达 曹金强 等 利用siRNA高通量测序和RT PCR技 术鉴定引起茄子斑驳紫花病的病毒种类 J 园艺学报 2019 46 3 508 518 CHAI A L CHEN L D CAO J Q et al Identification of viruses causing eggplant purple mottle flower disease by sirna high throughput sequencing and RT PCR detection J Acta Horticulturae Sinica 2019 46 3 508 518 in Chinese 3 刘勇 李凡 李月月 等 侵染我国主要蔬菜作物的病毒种类 分布 与发生趋势 J 中国农业科学 2019 52 2 239 261 LIU Y LI F LI Y Y et al Identification distribution and occurrence of viruses in the main vegetables of China J Chinese Agricultural Sciences 2019 52 2 239 261 in Chinese 4 SKELTON A UZAYISENGA B FOWKES A et al First report of Pepper veinal mottle virus pepper yellows virus and a novel enamovirus in chilli pepper Capsicum sp in Rwanda J New Disease Reports 2018 37 1 5 5 冯耿 辛敏 曹孟籍 等 深度测序发现贵阳发生的辣椒病毒病由多 种病毒复合侵染所致 J 植物病理学报 2017 47 5 591 597 FENG G XIN M CAO M J et al Identification of multiple viruses infecting hot pepper in Guiyang by deep sequencing J Acta Phytopathologica Sinica 2017 47 5 591 597 in Chinese 6 廖震 赵德刚 赵懿琛 利用小RNA深度测序技术检测分析小黄姜 病毒 J 基因组学与应用生物学 2018 37 6 2417 2422 LIAO Z ZHAO D G ZHAO Y C Detection and analysis of viruses 7 Guiyang 147 HF544342 贵州 Guizhou GZ MN381731 山东 Shandong NMG13 KC506392 内蒙古 Inner Mongolia HuB38 KC506391 湖北 Hubei Shaanxi 2 KJ513436 陕西 Shaanxi CS23 KC296856 湖南 Hunan HeB2 KC282362 河北 Hebei 85 45 68 93 ZM3 KJ634690 四川 Sichuan HLJ 9 4 KX688598 黑龙江 Heilongjiang BHC MF033143 Guangdong PS01 KF280644 i Chongqing Liaoning 2 KJ513433 a Liaoning FQ201512 KX376948 y Fujian SXPX 15 OK491085 Shanxi 1106 KC296438 2 Henan KQ1 KQ2 0 000 5 图 4 PVY CP基因部分核苷酸序列系统发育分析 Fig 4 Phylogenetic analysis on partial nucleotide sequence of CP gene of PVY 824福建农业学报第 39 卷 from small yellow ginger Zingiber officinale Rosc by small RNA deep sequencing technology J Genomics and Applied Biology 2018 37 6 2417 2422 in Chinese 汤亚飞 裴凡 李正刚 等 基于小RNA深度测序技术鉴定侵染广 东辣椒的病毒种类 J 中国农业科学 2019 52 13 2256 2267 TANG Y F PEI F LI Z G et al Identification of viruses infecting peppers in Guangdong by small RNA deep sequencing J Scientia Agricultura Sinica 2019 52 13 2256 2267 in Chinese 8 于海龙 靳远 刘婧 等 我国辣椒病毒病发生情况及发展趋势 基 于2018年和2019年辣椒主产区的调查 J 中国蔬菜 2020 9 25 30 YU H L JIN Y LIU J et al Occurrence and development trend of pepper virus disease in China based on main pepper producing areas investigation in 2018 and 2019 J China Vegetables 2020 9 25 30 in Chinese 9 LANGMEAD B TRAPNELL C POP M et al Ultrafast and memory efficient alignment of short DNA sequences to the human genome J Genome Biology 2009 10 3 R25 10 TAMURA K STECHER G KUMAR S MEGA11 Molecular evolutionary genetics analysis version 11 J Molecular Biology and Evolution 2021 38 7 3022 3027 11 VISSER M BESTER R BURGER J T et al Next generation sequencing for virus detection covering all the bases J Virology Journal 2016 13 85 12 SANTALA J VALKONEN J P T Sensitivity of small RNA based detection of plant viruses J Frontiers in Microbiology 2018 9 939 13 GARC A ARENAL F FRAILE A MALPICA J M Variability and genetic structure of plant virus populations J Annual Review of Phytopathology 2001 39 157 186 14 李桑桑 胡荣 罗香文 等 湖北和广西辣椒脉斑驳病毒的检测及 遗 传多样性分析 J 南方农业学报 2020 51 7 1693 1698 LI S S HU R LUO X W et al Detection and genetic identity of Pepper veinal mottle virus in Hubei and Guangxi J Journal of Southern Agriculture 2020 51 7 1693 1698 in Chinese 15 汤亚飞 裴凡 于琳 等 侵染广