拟南芥和番茄斑萎病毒NSs蛋白互作的转录组分析.pdf

基金项目 本研究由河南省科学院基本科研业务费专项 210602020 资助 引用格式 SongX Y ShiX B WangL M ChenT andChengS X 2024 TranscriptomicanalysisofinteractionbetweenArabidopsis thalianaandNSsprotein oftomato spottedwilttospovirus Fenzi Zhiwu Yuzhong Molecular Plant Breeding 22 17 5622 5629 宋 晓宇 史晓斌 王利敏 陈彤 程森祥 2024 拟南芥和番茄斑萎病毒NSs蛋白互作的转录组分析 分子植物育种 22 17 5622 5629 研究报告 ResearchReport 拟南芥和番茄斑萎病毒NSs蛋白互作的转录组分析 宋晓宇 1 史晓斌 2 王利敏 1 陈彤 1 程森祥 1 1河南省科学院高新技术研究中心 郑州 450000 2湖南省农业科学院植物保护研究所 长沙 410000 通信作者 chsxchem 摘 要 为了研究番茄斑萎病毒NSs蛋白在番茄斑萎病毒与植物互作中发挥的作用 本研究以转NSs基因 拟南芥和生态型拟南芥为研究对象 使用Illumina RNA seq测序平台进行转录组测序 利用生物信息学方法 分析NSs对植物转录水平影响 结果显示 转基因和生态型拟南芥共有1258个差异表达基因 其中966个 差异表达基因富集到Gene Ontology GO 主要涉及细胞组分 代谢过程和酶活性等功能 517个差异表达基 因富集到KEGG通路中 NSs主要降低了苯丙烷生物合成 植物激素信号转导 植物病原体相互作用等通路 基因的表达 这些通路都与植物防御病原微生物侵染相关 101个差异表达基因被鉴定为转录因子 分属于 39个转录因子家族 包括调控苯丙烷生物合成的MYB家族和调控生长素信号转导AUX IAA转录因子家 族 研究发现 NSs蛋白与拟南芥的互作是一个复杂的过程 NSs影响了拟南芥的次生代谢 激素调节 防御 反应等多项生物功能 这为后续深入研究NSs在番茄斑萎病毒与宿主植物互作中发挥的作用以及番茄斑萎 病毒的防治提供参考依据 关键词 番茄斑萎病毒 NSs 互作 转录组测序 Transcriptomic Analysis of Interaction between Arabidopsis thaliana and NSsProteinofTomatoSpottedWiltTospovirus SongXiaoyu 1 Shi Xiaobin 2 WangLimin 1 ChenTong 1 ChengSenxiang 1 1 High 2 Institute of Plant Protection Hunan Academy of AgriculturalSciences Changsha 410000 Correspondingauthor chsxchem DOI 10 13271 j mpb 022 005622 Abstract In order to study the role of NSs protein in the interaction mechanism between tomato spotted wilt to spovirusand plants this studytook transgenicArabidopsis thalianaexpressingNSs gene and wild typeArabidopsis thaliana as experimental materials and used the Illumina RNA seq sequencing platform for transcriptome sequ encing and analyzed the effects of NSs on gene expression and function by bioinformatics methods The results showed thatthere were 1258differentiallyexpressed genes DEGs between transgenic and wild typeArabidopsis Among them 966 DEGs were enriched in Gene Ontology GO Their functions were mainly referred to cell com ponents metabolic processes and enzyme activities 517 DEGs were enriched in KEGG pathway it was showed that NSs reduced the expression of genes in the pathways such as phenylpropanoid biosynthesis plant hormone signal transduction and plant pathogen interaction These pathways are all related to the defense of plants against pathogenic microorganisms 101 DEGs were identified as transcription factors belongingto 39 transcription factor families including the MYB family that regulates phenylpropanoid biosynthesis and the AUX IAA transcription factor family that regulates auxin signal transduction Through the study it is found that the interaction between 分子植物育种 2024年 第22卷 第17期 第5622 5629页 MolecularPlantBreeding 2024 Vol 22 No 17 5622 5629 NSs protein and Arabidopsis is a complicated process NSs influences the secondary metabolism hormone regula tion defense response andotherbiological functionsofArabidopsis Thislaysthefoundation for the in depth study of the role of NSs in the interaction between tomato spotted wilt tospovirus and host plants and the control of tomato spottedwilt tospovirus Keywords Tomatospotted wilt tospovirus NSs Interaction Transcriptome 番茄斑萎病毒 tomato spotted wilt tospovirus TSWV 属于番茄斑萎病毒科 Tospoviridae 正番茄斑 萎病毒属 Orthotospovirus 李云洲等 2018 野外条 件下 TSWV 只能通过蓟马 主要是西花蓟马 Frankliniella occidentalis 以持久增殖性方式进行传 播 TSWV可以侵染超过1 100种植物 包括番茄 Lycopersicon esculentum 辣椒 Capsicum annuum 烟草 Nicotianatabacum 大豆 Glycine max 等 Roten berget al 2015 被TSWV感染后 植物叶片褪绿皱 缩 极易脱落 果实出现黄色暗斑 植株发育迟缓 普遍矮化 严重影响农作物的品质和产量 Zhao and Rosa 2020 随着西花蓟马在全球的蔓延 TSWV造 成的危害也日益严重 因此TSWV被评为世界上最 具危害的植物病毒之一 Turina et al 2016 TSWV 自1986年传入中国 目前已在中国西南 华南 华 北 西北等地区大面积发生 对农业生产造成严重影 响 李云洲等 2018 NSs Non structure small 是TSWV编码的非结 构蛋白 在TSWV的感染 复制和传播过程中发挥重 要作用 Takeda et al 2002 来自几种番茄斑萎病毒 属病毒的NSs蛋白显示通过结合siRNA和dsRNA 来抑制RNA沉默 并且NSs的N 末端和C 末端 结构域对于RNA沉默抑制活性是重要的 Bucher et al 2003 西花蓟马幼虫可以获取编码截短NSs蛋 白的TSWV 但成虫中病毒的积累量很低 无法传播 病毒 说明NSs在西花蓟马持续感染和传播TSWV 的过程中必不可少 Margaria et al 2014 NSs通过 直接与植物茉莉酸信号传导的调控因子MYC2相互 作用 降低植物单萜类挥发物的生物合成 从而减弱 植物对西花蓟马的防御 间接促进TSWV的传播 Wu et al 2019 NSs同时被鉴定为基于Tsw辣椒 抗性的无毒效应蛋白 可在抗性植物中引发过敏反 应 de Rondeet al 2013 但目前尚鲜见NSs对植物 转录水平影响的报道 高通量测序技术因其灵敏度高 覆盖度广 价格 便宜等优点广泛应用于植物研究 特别是植物 病 毒的互作研究 贾昌路等 2015 通过RNA Seq技术 研究分析TSWV侵染苗期辣椒后基因表达的变化 发现苯丙烷生物合成通路中基因显著上调 说明被 感染的辣椒启动了防御反应 番茄褪绿斑病毒 tomato zonate spot orthotospovirus TZSV 与TSWV 同属正番茄斑萎病毒属病毒 通过高通量测序分析 TZSV侵染烟草叶片后的转录组变化 发现TZSV影 响了烟草叶绿体发育 植物病原体相互作用和次生 代谢等通路 Huanget al 2017 通过分析黄瓜花叶 病毒 cucumber mosaic virus CMV 抗感辣椒品种的 转录组差异 发现抗病辣椒材料JJ101中植物病原体 相互作用 植物激素信号传导等通路基因表达上调 说明辣椒对CMV的防御是多通路共同作用的复杂 过程 雷阳等 2021 本研究以转NSs基因拟南芥和生态型拟南芥为 研究对象 通过高通量测序技术 筛选出差异表达基 因 进行生物信息学分析 并随机选取差异表达基因 进行qPCR以验证转录组数据的准确性 为深入研 究NSs在TSWV 植物相互作用中发挥的作用以及 TSWV的防治提供参考依据 1结果与分析 1 1测序数据质量评估 将转基因和生态型拟南芥样品进行高通量测 序 分别平均产生56 821 971和49 431 901条原始 序列 Rawreads 通过对不合格的序列进行过滤 分 别平均得到55 536 561和48 357 159条有效序列 Cleanreads Q20均大于98 Q30均大于94 GC 含量也处于正常水平 表1 所有数据均表明测序数 据质量较高 可用于后续的生物信息学分析 1 2差异表达基因分析 通过差异表达基因火山图 图1 发现转基因 和生态型拟南芥共有1 258个差异表达基因 其中 1 054个差异表达基因下调表达 83 78 204个差 异表达基因上调表达 16 22 下调表达基因数量明 显多于上调表达基因 拟南芥和番茄斑萎病毒NSs蛋白互作的转录组分析 Transcriptomic AnalysisofInteraction betweenArabidopsis thalianaandNSsProtein ofTomatoSpottedWiltTospovirus 5623 分子植物育种 MolecularPlantBreeding 表1测序数据质量信息 Table 1 Information ofsequencingdata quality 样品名称 Sample name CK1 CK2 CK3 NSs1 NSs2 NSs3 原始序列 Rawreads 57816 340 52642 352 60007 222 45453 056 53856 772 48985 876 有效序列 Cleanreads 56654 990 51464 426 58490 268 44581 936 52887 520 47602 020 有效碱基数目 Gb Clean bases Gb 8 50 7 72 8 77 6 69 7 93 7 14 测序错误率 Errorrate 0 02 0 02 0 02 0 02 0 02 0 02 Q20占比 Q20 98 04 98 08 98 10 98 18 98 11 98 19 Q30占比 Q30 94 48 94 58 94 66 94 76 94 61 94 85 GC含量 GCcontent 46 24 46 59 45 86 46 22 46 03 46 52 图1转基因和生态型拟南芥的差异表达基因火山图 Figure 1 Volcanoplot for differentially expressed genes between NSsandWT 1 3差异表达基因的GO富集分析 通过Gene Ontology GO 数据库 共966个差异 表达基因获得2 060个GO功能注释 分属生物过 程 分子功能和细胞组分三部分 其中 生物过程共 有1 194个功能注释 57 96 包括碳水化合物代谢 过程 Carbohydrate metabolic process 细胞多糖代谢 过程 Cellular polysaccharide metabolic process 等GO 项 分子功能共有601个功能注释 29 17 包括外 部密封结构 External encapsulating structure 细胞壁 Cell wall 等GO项 细胞组分共有265个功能注释 12 86 包括水解酶活性 Hydrolase activity 作 用于糖基键的水解酶活性 Hydrolaseactivity actingon glycosyl bonds 等GO项 本研究仅展示富集最显著 的30个GO项 图2 1 4差异表达基因的KEGG富集分析 通过Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes KEGG 数据库 517个差异表达基因共映射到89个 KEGG信号通路 差异表达基因参与较多的信号通路 包括苯丙烷生物合成 Phenylpropanoid biosynthesis 植物激素信号转导 Plant hormone signal transduction 和植物病原体相互作用 Plant pathogen interaction 其中苯丙烷生物合成信号通路中 PLA1 C4H OMT1 FAH1等12个基因下调 AT2G37130基因上调 植物 激素信号转导信号通路中MAT3 MTO3 ACS11 ACS8 等17个基因下调 DET2 SAUR32和AT1G77920基 因上调 植物病原体相互作用信号通路中 CNGC9 TCH3 CAM8 MEK1等14个基因全部下调 1 5差异表达基因转录因子分析 使用iTAK软件对差异表达基因进行转录因子 分析 共鉴定出101个转录因子 属于39个转录因 子家族 其中 9个差异表达基因属于调控苯丙烷生 物合成的MYB家族 5个属于调控生长素信号转导 的AUX IAA转录因子家族 图3 1 6差异表达基因的qPCR验证 随机选取8个差异表达基因 进行qPCR以验 证RNA seq结果可靠性 所有qPCR的趋势均与 RNA seq的趋势相同 说明转录组测序结果具有较 高的准确性和可靠性 图4 2讨论 苯丙烷代谢是植物最重要的次生代谢途径之 一 产生的类黄酮 木质素等化合物 是植物应答生 物胁迫的重要途径 其中苯丙氨酸解氨酶 L pheny lalanineammonialyase PAL 肉桂酸 4 羟化酶 cin namate 4 hydroxylase C4H 和4 香豆酰辅酶A连接 酶 4 coumarate CoA ligase 4CL 是苯丙烷合成信号 通路中的限速酶 在大豆中 通过基因编辑技术增加 异黄酮的含量 能够增强叶片对大豆花叶病毒 soy abean mosaic virus SMV 的抗性 Zhang et al 2020 佛手瓜中较高的苯丙氨酸解氨酶活性和木质素 对 香豆酸含量 使其对瓜蝇侵染产生抗性 Shivashankar etal 2015 苯丙烷合成信号通路中MYB转录因子 提高菊花中4CL CCR1等基因的转录水平 能够增 5624 拟南芥和番茄斑萎病毒NSs蛋白互作的转录组分析 Transcriptomic AnalysisofInteraction betweenArabidopsis thalianaandNSsProtein ofTomatoSpottedWiltTospovirus 加木质素的生物合成 进而降低了蚜虫在菊花上的 繁殖率 An et al 2019 当受到病原微生物侵染时 植物往往会激活苯丙烷生物合成途径进行防御 抗 病品种辣椒中苯丙氨酸解氨酶 PAL 和肉桂酰辅酶 图4差异表达基因的qPCR验证 Figure 4ValidationofdifferentialexpressiongenesbyqPCR 图2转基因和生态型拟南芥的差异表达基因的GO功能富集分析 注 1 多糖代谢过程 2 细胞葡聚糖代谢过程 3 葡聚糖代谢过程 4 细胞多糖代谢过程 5 细胞壁组织或生物发生 6 细胞碳 水化合物代谢过程 7 GTP酶活性的调节 8 碳水化合物代谢过程 9 氨基聚糖分解代谢过程 10 细胞壁大分子分解代谢过 程 11 类固醇生物合成过程 12 类固醇代谢过程 13 胞质分裂 14 细胞壁大分子代谢过程 15 水解酶活性的调节 16 细胞 壁 17 外部封装结构 18 质外体 19 作用于糖基键的水解酶活性 20 木葡糖基转移酶活性 21 水解O 糖基化合物的水解酶 活性 22 细胞骨架蛋白结合 23 转移糖基的转移酶活性 24 水解酶活性 25 微管结合 26 纤维素合酶活性 27 纤维素合酶 UDP形成 活性 28 3 羟基 5 类固醇脱氢酶活性 29 类固醇脱氢酶活性 30 作用于供体的CH OH基团 NAD或NADP 作为受体的类固醇脱氢酶活性 Figure 2 GOfunctionalclassificationofdifferentialexpression genesbetweenNSsandWT Note 1 Polysaccharide metabolic process 2 Cellular glucan metabolic process 3 Glucan metabolic process 4 Cellular polysaccha ride metabolic process 5 Cell wall organization or biogenesis 6 Cellular carbohydrate metabolic process 7 Regulation of GTPase activity 8 Carbohydrate metabolic process 9 Aminoglycan catabolic process 10 Cell wall macromolecule catabolic process 11 Steroid biosynthetic process 12 Steroid metabolic process 13 Cytokinesis 14 Cell wall macromolecule metabolic process 15 Reg ulation ofhydrolase activity 16 Cell wall 17 External encapsulating structure 18 Apoplast 19 Hydrolase activity acting on glyco syl bonds 20 Xyloglucan xyloglucosyl transferase activity 21 Hydrolase activity hydrolyzing O glycosyl compounds 22 Ytoskele tal protein binding 23 Transferase activity transferring glycosyl groups 24 Hydrolase activity 25 Microtubule binding 26 Cellu losesynthaseactivity 27 Cellulosesynthase UDP forming activity 28 3 beta hydroxy delta5 steroiddehydrogenaseactivity 29 Ste roid dehydrogenase activity 30 Steroid dehydrogenaseactivity actingontheCH OHgroup ofdonors NADorNADPasacceptor 图3 NSs与WT差异表达基因所属转录因子家族组成 Figure3Transcriptionfactorsfamilycompositionofdifferentially expressedgenesbetweenNSsandWT A还原酶 cinnamoyl CoAreductase1 CCR1 调控基因 比感病品种中更早被激活 并且表达量更高 Li et al 2020 在接种山茶刺盘孢 Colletotrichum camelliae 后 茶树抗病品种中苯丙氨酸解氨酶 PAL 相关基因 表达上调 并且肉桂醇脱氢酶 cinnamyl alcohol dehy drogenase CAD 相关基因的表达量要显著高于感病 5625 分子植物育种 MolecularPlantBreeding 品种 Wanget al 2016 以上都体现了苯丙烷生物合 成途径与植物抗性的相关性 本研究发现苯丙烷合成 信号通路中PAL1 C4H等12个基因均下调表达 说 明NSs可以通过抑制丙烷合成降低部分次生代谢产 物的积累 进而影响植物对病原微生物的防御 生长素是一种重要的植物激素 其主要功能是 促进植物生长 同时其含量的变化也影响植物的抗 病性 王美红等 2018 黎家和李传友 2019 丁香假 单胞菌 Pseudomonas syringae 在感染拟南芥过程中 自身会产生生长素抑制拟南芥防御并直接促进细菌 毒力基因的表达 Djami Tchatchou etal 2020 过表 达的CsGH3 6基因能够抑制晚锦橙生长素信号基因 表达和生长素积累 使得柑橘黄单胞杆菌柑橘亚种 Xanthomonas citri subsp citri Xcc 造成的病斑面积 和病情指数显著减少 邹修平等 2019 生长素 吲 哚乙酸蛋白家族 Aux IAAs 是生长素信号传导的主 要转录因子 在生长素浓度较低时 Aux IAA蛋白与 生长素响应因子 ARFs 结合 抑制生长素相关基因 的转录活性 当生长素水平升高时 Aux IAA蛋白会 被泛素 蛋白酶体系途径降解 ARF得以与靶DNA 结合激活转录 从而激活下游基因的表达转录因子 因此Aux IAA蛋白成为许多病原体激活生长素信号 传导的靶点 宋顺等 2018 丁香假单胞菌的III型效 应子AvrRpt2通过促进Aux IAA蛋白的降解来激活 生长素途径 促进了细菌生长和疾病症状加重 Cui et al 2013 烟草花叶病毒 tobaccomosaicvirus TMV 的复制蛋白与AUX IAA蛋白相互作用破坏其核定 位 从而影响生长素介导的基因调控和促进疾病 发展 Collum et al 2016 通过拟南芥KEGG通路分 析 在植物激素信号转导通路中发现NSs降低了 多个编码Aux IAAs蛋白的基因 IAA6 IAA7 IAA19 SHY2和PAP2 的表达 推测Aux IAAs相关基因表 达下调能够促进生长素的信号传导 进而降低植物 的抗病性 在与病原微生物的共同进化中 植物逐渐形成 一套天然免疫系统抵御病原微生物的侵染 其中部 分钙调蛋白 calmodulin CaM 参与了植物对病原体 的免疫反应 尹倩倩等 2016 在被烟草蚀纹病毒 tobacco etch virus TEV 侵染的烟草叶片中 钙调蛋 白rgs CaM regulator of gene silencing CaM 会大量 表达并结合病毒沉默抑制子促使其降解 起到对烟 草蚀纹病毒二级防御的作用 Nakaharaetal 2012 大 丽轮枝菌 Verticillium dahliae 诱导陆地棉MYB转 录因子 GhMYB108 表达 与钙调蛋白GhCML11相 互作用并形成正反馈调节回路 从而减轻了大丽轮 枝菌的病害 Cheng et al 2016 本研究发现植物病 原体相互作用信号通路中 钙调蛋白基因 TCH3 CAM2 CAM8和CAM9 下调表达 除此之外 参与 CDPK途径 CNGC9 MAPK级联途径 MEK1 效应 子触发免疫过程 SGT1A HSP81 2 HSP81 3 以及病 程相关蛋白家族 PR1 的基因 这些防御相关基因也 均下调表达 表明NSs抑制了植物的防御系统 先 前的研究表明 西花蓟马 双斑叶螨 Tetranychusur ticae 等昆虫对TSWV感染的植物有更高的寄主偏 好和繁殖能力 Marisetal 2004 Nachappaetal 2013 在TSWV感染的辣椒上 西花蓟马幼虫从卵中孵化 得更早 随后在TSWV感染的植物上化蛹速度也更 快 Mariset al 2004 这些现象可能都与NSs对植物 防御系统的抑制有关 综上所述 本研究通过转录组学的方法 发现 NSs能够降低拟南芥苯丙烷生物合成 植物激素信 号转导 植物病原体相互作用等信号通路相关基因 的表达 从而抑制植物对病原微生物的防御 TSWV 是对农作物的产量和品质造成危害的植物病毒 NSs 蛋白作为其沉默抑制子在破坏植物免疫过程中也发 挥重要功能 分析NSs对植物转录水平影响能够对 进一步研究NSs在TSWV 植物互作中发挥的作用 以及TSWV的防治提供思路 3材料与方法 3 1试验材料 试验所用哥伦比亚生态型拟南芥和NSs转基因 拟南芥均由湖南省农业科学院植物保护研究所提 供 NSs转基因拟南芥构建方法 从云南昆明番茄植 株上分离 鉴定 并使用本氏烟 Nicotiana benthami ana 传代的TSWV扩增得到NSs基因 构建pCambi a1301 NSs过表达载体 使用农杆菌介导法转化哥伦 比亚生态型拟南芥 获得阳性植株 经PCR验证的 T 3 代转基因纯合株系 将生态型拟南芥和NSs转基 因拟南芥在温室中生长 条件控制在温度 22 1 相对湿度 55 10 光照周期L D 14 h 10 h 盛花期 时取生态型和转基因拟南芥地上部分用液氮速冻并 于 80 保存 每组样品3个生物学重复 3 2转录组测序 首先提取样品中的总RNA 提取的RNA质量 需满足高通量测序对样品质量的要求 检测合格后 5626 拟南芥和番茄斑萎病毒NSs蛋白互作的转录组分析 Transcriptomic AnalysisofInteraction betweenArabidopsis thalianaandNSsProtein ofTomatoSpottedWiltTospovirus 表2 qPCR引物序列 Table2 PrimersequenceforqPCR 基因ID GeneID 836390 824355 835701 841717 821879 820793 818280 817599 835504 基因符号 Genesymbol TUBULIN 2 CAM9 HSP81 3 IAA6 IAA7 IAA19 PLA1 C4H OMT1 引物序列 5 3 Primersequence 5 3 F GAGCCTTACAACGCTACTCTGTCTGTC R ACACCAGACATAGTAGCAGAAATCAAG F CAAAGATTCCGATGGGTTCATC R CTGTCGAACACTCTGAATACCT F CTTCATTCACATCATTCCCGAC R AACACCAAACTGTCCAATCATG F GCGAAATATCAGTATGCGGATC R CAGTATCTAACGCTGATGAGGT F CAGGATCTTTCTGATGCATTGG R GCAGATTCATTAGCTTGCTCTC F CGCTGAGAAGGTTAATGATTCG R TCACTTTCACATACCCTAACCC F AGAGTATGAACAAAGGCACTGA R ATAAGTTCCTTCTGAAGTGCGA F GAAGTCTTTAATCGCCGTCTTC R TGAGATCATCTCCGACTTGAAG F GGCTTTAAAATCCGCCTTAGAG R CAGGATTTTTGGTCGGAAGTTT 使用Illumina的NEBNext Ultra TM RNA文库构建试 剂盒构建cDNA文库 然后使用Illumina测序平台 进行转录组测序 上述工作委托北京诺禾致源科技 股份有限公司进行 3 3差异表达基因的筛选 将rawreads过滤除去带有接头 含有未检出碱 基 低质量的序列数据 得到cleanreads 使用HI SAT软件将clean reads与参考基因组进行对比 使 用HTSeq软件进行基因表达水平分析 使用DESeq 软件进行基因差异表达分析 p adjusted小于0 05的 基因即被视为差异表达 3 4功能注释 差异表达分析及转录因子分析 分别使用GOSeq软件和KOBAS软件对筛选得 到的表达差异基因进行 GO 数据库富集分析和 KEGG数据库整合代谢途径 Pathway 中差异表达基 因的统计富集 使用iTAK软件进行转录因子预测 3 5差异表达基因的qPCR验证 为了验证转录组数据的准确性 随机选取8个差 异表达基因 使用qPrimerDB https biodb swu edu cn qprimerdb 进行qPCR引物的设计 表2 Lu et al 2018 并且选取 TUBULIN 2作为内参基因 Lilly et al 2011 Soucek et al 2017 使用两步法qPCR 试剂盒 诺唯赞 中国 进行反转录PCR 定量PCR 检测试剂盒 诺唯赞 中国 进行qPCR 采用2 Ct 法 对数据进行分析 计算出每个基因的相对表达水平 Livak and Schmittgen 2001 并将 qPCR 结果取 log 2 与RNA Seq得到的log 2 FC进行比较 每组处理 3个生物学重复和3个技术重复 Schmittgen and Li vak 2008 作者贡献 宋晓宇是本研究的实验设计者和实验研究的执 行人 完成数据分析 论文初稿的写作 王利敏 陈彤 参与实验设计和试验结果分析 史晓斌 程森祥是项 目的构思者及负责人 指导实验设计 数据分析 论文 写作与修改 全体作者都阅读并同意最终的文本 致谢 本研究由河南省科学院基本科研业务费专项资 金 210602020 资助 参考文献 An C Sheng L P Du X P Wang Y J Zhang Y Song A P Jiang J F Guan Z Y Fang W M Chen F D and Chen S 5627 分子植物育种 MolecularPlantBreeding M 2019 Overexpression of CmMYB15 provides chrysan themum resistance to aphids by regulating the biosynthesis oflignin Hortic Res 6 84 BucherE SijenT deHaanP Goldbach R and PrinsM 2003 Negative strand tospoviruses and tenuiviruses carry a gene for a suppressor of gene silencing at analogous genomic po sitions J Virol 77 2 1329 1336 Cheng H Q Han L B Yang C L Wu X M Zhong N Q Wu J H Wang F X Wang H Y and Xia G X 2016 The cotton MYB108formsapositivefeedbackregulationloopwithCM L11 and participates in the defense response against Verti鄄 cillium dahliae infection J Exp Bot 67 6 1935 1950 Collum T D Padmanabhan M S Hsieh Y C and Culver J N 2016 Tobaccomosaicvirus directedreprogrammingofaux in indole acetic acid protein transcriptional responses en hances virus phloem loading Proc Natl Acad Sci USA 113 19 E2740 E2749 Cui F H Wu S J Sun W X Coaker G Kunkel B He P and ShanL B 2013 ThePseudomonas syringae type IIIeffector AvrRpt2 promotes pathogen virulence via stimulating Ara bidopsis auxin indole acetic acid protein turnover Plant Physiol 162 2 1018 1029 de Ronde D Butterbach P Lohuis D Hedil M van Lent J W M and Kormelink R 2013 Tsw gene based resistance is triggered by a functional RNA silencing suppressor protein of the Tomato spotted wilt virus Mol Plant Pathol 14 4 405 415 Djami Tchatchou A T Harrison G A Harper C P Wang R Prigge M J Estelle M 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