梅花品种资源叶绿体基因组SSR研究

»29  9 12007 M1 Ø   v Ð Ð JOURNALOFBEIJINGFORESTRYUNIVERSITYVol.29, Supp.1Jan., 2007là ° ù2006-11-16htp Á[ “SE1 – SÐÁù[ “300070641、SE   S/ZϏù[ “2005004。»BT€ g‡ ö,p V,¬ q。ö1ùîZ_ó ±þ÷ÐâÕ。ÈÅ010-82376017-601 EmailL ¹¶100083Ø vÐ10|Q。¼½ ÖÕ÷ s8yFSSRùî吕英民1, 2 殷 婧1 杨 果1 张启翔1,21Ø vÐó Ðý 2SE½ñýñ/ ŒùîϏK1¾ùî æ¨ ñÊ¥B Ÿ1õ¤¥ s8DNAcpDNASSR„þNTCP9 ”948z ¼½‹ ¥yFDNA,É› s8DNASSRS k。[ƒ48ñ ¼½ ÖÕ¥cpSSR·Õ ” ¹,¨NTSYSpc2.11 Èq9ØNeis1972L.  Ö“ ”、e† Ä ¥“ ”SM、Jaccard Ä ¥“ ”„Dice Ä ¥“ ”,isYÉ› Ë、 †½s。V¥˜s ‚¿cpDNAsÄ£ U¥ ¼½ ÖÕW¥“dÄ1“。1oM ¼½,cpSSR,·Õm öL Ying-min1, 2;YINJing1;YANGGuo1;ZHANGQi-xiang1, 2.cpSSRanalysisofPrunusmumeculti-varresources.JournalofBeijingForestryUniversity200729 Supp.148-53[Ch, 22 ref.]1 ColegeofLandscapeArchitecture, BeijingForestryUniversity, 100083, P, R.China;2 ChinaNationalCenterforFlowerEngineeringTechnique, Beijing, 100083, P, R.China.Forty-eightcpDNAfingerprintsofPrunusmumecultivarswerebuiltupwiththeprimerNTCP9 fromtobaccocpDNAbyusingthecpSSRtechnique.BasedoncpSSRfingerprintsdataof48accessionsofP.mumecultivars, thecomplexityofrelationshipandoriginationofP.mumecultivarswereanalyzedbyusingNTSYSpc2.11toclusterandarangementanalysisofNeis1972geneticdistance, SMcoefi-cient, JaccardcoeficientandDicecoeficient.Keywords Prunusmume, cpSSR, DNAfingerprint®¿ s8DNAchloroplastDNA, cpDNAµÚ¥M oŸ,yN ¼½PrunusmumecpDNAÐ  ð±þ¥cpDNA µ]÷Ÿ。 Ù –  ð±þ  ¾ ‹Pinus、Ö ÜZeamaysϵƒZ 륡[ 1-15] ,Œ  ¼½Ï,Ãnµ1cpDNASSRs¥¡。Ð5cpDNASSR¥ ÿŸ‚ ‚DNASSR¥ ÿŸ [ 16] ,Œ V_©ž‚] ‹、Õ、 ÖÕcpDNA¥µs„lM, uY Tø1““Í¥y˜Z ëµ µ¥ª ]。ùî ñÊB Ÿ1õ¤Nicoti-anatabacum¥cpDNASSR„þ ”948z ¼½‹ ¥yFDNA,É›cpDNASSRS k、。V¥˜s ‚¿cpDNAsÄ£ U¥ ¼½ ÖÕW¥“dÄ1“,[F  ¼ ÖÕ÷¥ùî、 ¹„ æ¨,[ ¼½ÕÉ÷ ¹¥s0Sùî Ø ‚,ÉB„y ¼L. õ ím ö、s0S£ùâÕ、1y¥çÊÐ X H©ùîýTµBç¥ Ø ‚• I„ L‹¨N´。1 材料与方法1.1 ¼½ ÖÕ k‹ cpSSR k“ ÖnV1 Ÿ1 2Ø ¼½ ö„óq ¼½Ï 48ñ ¼½ ÖÕ。1.2 kÐsZE1.2.1 试验仪器及试剂 k î P¨¥N  ®ÏS j SÐý v’½ñ î„ ÖÉ î L i4。„þ¤h1Ø Øpù½ 3þµK ³、Z 3ý 3þýñ/ Œ›µK ³。 M ½EcoRI MseI、T4 õ¤ ½1 g‡ 3þ/ Œ ³。Taq ½1¿ Å 3þýñ ³、ØåS 3þ/ ŒµK3 © ³。 ÖAš T„AšØåS 3þ/ ŒµK3 © ³。9 1 g‡ ö© ¼½ ÖÕ÷ s8yFSSRùî49  ðÄÐ k4SÁsB。V1 ¼½cpSSR k“ Ö¨VTABLE1 SerialnumberofP.mumesamplesforcpSSRI| ÖÕ I| ÖÕ I| ÖÕ 1 lÖÜ 17 e£ 33 Öî¥2 m öâ 18 Be£ 34 x½äõ¥3 v } sl 19 ëÀ 35 äõ sl¥4 ‘ sl 20 †õ*â½ 36 †5¥5 * sl 21 v½ ¼37 Ö;¥6 †õžK 22 B Ä 38 •¥7 ϯK¥ 23 †õv £ 39 C Ê¥8 }´ 24  ® 40 Žª9 A 25 2Ø*£ 41 ÖÕ10 *x 26 FÜKl 42 ¥ Â11 v 27 U 43 ½  Â12 äõ ûî 28 Žx 44 1›¥13  2ë é 29 ¥ 45 K Å ¦14  T 30 Ö ˆ 46  ö¥15 †x¥ 31 Ø }ÖÜ 47 Æ 3¥16 ÅŠ¥ 32 Ö7 ¼48 l£É¶1.2.2 引物筛选 k¨13 Ÿ÷¿Ö Ü、õ¤、 ¾ Ž s8DNAcpSSR„þ[ 3, 17-19] , ”9 Û |¥5z ¼½‹ ¥yFDNAÉ›s„þ ñÊ, ñʲTϵ8_©ž  ÿŸ,]61.54,KÔʨ ”9Kz¥B Ÿ1õ¤¥ s8DNASSR„þNTCP9 ¼½yFDNAÉ› s8DNASSRS k。õ¤NTCP9„þ½ 5′-CTTCCAAGCTAACGATGC-3′5′-CTGTCCTATCCATTAGACAATG-3′1.2.3 试验方法及试验数据的记录分析方法¨F.JamesRohlf2001NTSYSpc2.11 Èq9 ØM »Ÿ“ ”ÐL.  Ö“ ”。L.  Ö“ ”dij¨Neis1972  Ö“ ”。Ä ¥“ ”¨SM“ ”e† Ä ¥“ ”SSMad abcdJ“ ”Jaccard“ ”SJa abcDice“ ”SC2a 2abcTÏ,aV U ñOTUŸI ’¥¹“1”¥ñ ”;bV UBñOTU¹“1”, 6BñOTU¹“0”¥Ÿñ”;cV UBñOTU“0”, 6BñOTU“1”¥Ÿñ”;dV U ñOTU¥¹“0”¥Ÿñ ”。[SAHNClusteringÉ›dF ƒî Ø Œ Ü EUPGMA Ës,9 ØM »Ÿ“ ”r,i¨MX-COMPMatrixcomparisonÏ¥COPHprogramñ½É›2»Manteltest_,9 ؘ†“ ”[ 20]  ˲T˜†ñ¥M1“ ”rij。2 结果与分析2.1 ¼½ ÖÕcpSSR·Õm ö Ës s8DNA¥±Ï’söV¥˜£ U¼½ ÖÕW¥ Tø1“。Ü ñÊ P¨¥„þ ”915HSSR ÿŸ{, c Ë Â/。m1 „þNTCP9·ÕmFIGURE1 cpSSRfingerprintofprimercombinationsNTCP92.2 ¼½ ÖÕcpDNASSRM »Ÿ Ë®cpSSRs„þNTCP9¤ž¥·Õm önm1 c²TÉ› Ës,¤ž Žm。1¨Neis1972L.  Ö“ ”¤ž¥ Ë Ž Âm2 î U。2¨e† Ä ¥“ ”SM¤ž¥ ˲T Âm3 î U。3¨Jaccard Ä ¥“ ”¤ž¥ Ë Ž Âm4î U。4¨Dice Ä ¥“ ”¤ž¥ Ë Ž Âm5î U。51 4Õ Ës²T Âm6 î U。50  Ø   v Ð Ð »29 m2 ¨Neis1972L.  Ö“ ”¤ž¥ Ë ŽFIGURE2 cpSSRdendrogramofNeis1972geneticdistancecoeficientsm3 ¨SM Ä ¥“ ”¥ Ë ŽFIGURE3 DendrogramofsimplematchingcoeficientsSMm4 ¨Jaccard Ä ¥“ ”¤ž¥ ËmFIGURE4 DendrogramofJaccardcoeficientsm5 ¨Dice Ä ¥“ ”¤ž¥ ËmFIGURE5 DendrogramofDicecoeficients9 1 g‡ ö© ¼½ ÖÕ÷ s8yFSSRùî51 m6 ˲T˜†1 mFIGURE6 MXCOMPmatrixcomparisonofdendrograms52  Ø   v Ð Ð »29 2.3 ¼½ ÖÕcpDNASSR·Õ Ës2.3.1 相关系数 2维比较9 Ø4Õ Ë¥˜†M1“ ” V[ AòÕ Ë“ ” ”Ð Ë Ž¥˜† z;  Ö“ ”¤ž¥“ ” ”„ Ë Ž²TÐM »Ÿ“ ”Dice¥ ”„ Ë Ž˜†dÈÚ,˜†M1“ ”rij¹-0.984 44;ÐJ¤ž¥ ”„ Ë Ž¥˜†M1“ ”rij¹-0.951 74;ÐSM¤ž¥ ”„ Ë Ž¥˜†M1“ ”rijK®,9rž -0.923 36,ƒt˜†“ ”rij¥ ´ûÚ¿0.9,˜†ñûrždÈz¥Y。2-wayManteltest²TV ü ˲T “zQ˜ c¥cpSSR·Õ f ƒ, V[ AžòM1“ ” I³ ˲TdÈM »。2.3.2 树状图聚类情况ʨ¥scpSSR„þNTCP9_©¥48ñ ¼½ ¡ ÖÕ“ Ö¥cpDNA Ë”¹14ñ, Ï13ñ Ë ÿŸ,] î_© Ë ¥92.86。sY¨Neis1972L.  Ö“ ”、DiceÄ ¥“ ”、Jaccard“ ”„SM Ä ¥“ ”¤ž¥ ˲TÉ›1 , V[C Ù –ò“ ”¥´‚ÐM],†¨Neis“ ”、D“ ”、J“ ”¤žM]¥ ˲T,„SM“ ”¤ž¥ ˲TM »,Ç  ” {µ‚],vÁ|48z ¼½ k‹s¹ BF»BFv } sl。»Fe£、Be£、ëÀ、B Ä、v½ ¼、†õ*â、†õv £、‘ sl、†õžK、 A、ϯK¥、 }´,ö1¹ ¼˜、 ÒÁ˜ ¼½。» ØFÖ7 ¼、 2Ø*£、 Ø }ÖÜ、lÖÜ、m öâ、¥、Ö ˆ、Žx、*x、 2ë é、 T、ÖÕ、Žª、 K Å ¦、¥ Â、½  Â,ö1¹Öܘ、x˜„ž ¼ˆ Ù ¼ Ë。» ¹FFÜKl、 U、ÅŠ¥、  ö¥、ÖÍ¥、†x¥、x½äõ¥、•¥、 släõ¥、 C Ê¥、Ö;¥、†5¥、Æ 3¥,ö1¹¥ ¼ Ë。»ôF §、* sl、v、äõûî、l£É¶。» BF 1›¥。ÐAFLP ˲TM1 VC;µM]­,9µ‚]­。K üA¥‚]­¿cpSSRS¥cpDNA¥L.M »Ÿ üAÚ¿AFLPS¥‚DNA¥L.M »Ÿ,µ‚  ÖÕ¥M »Ÿ“ ”rž1。ƒi‚V üƒt ¼½ ¡ ÖÕ¥ s8yü› †M],7 ·¾s„þ ”9Hq/, s8yF¥M »Ÿ Ú,9ü ª ]÷Ÿ Ú,Mº­W¥µs9¸  ðs„þHq/kY。î ðy V ¼½¥ s8yF ÖÕ £ Ü  µ Ú¥]÷Ÿ,˜†cpDNA¥L. p。3 遗传相似系数分析与讨论ô 48z ¼½‹ cpSSR ÿŸ{9 Ø L.M »“ ”,²T V©, k¥48ñ ¼½ ÖÕWL.M »Ÿ“ ”¥M–¹0.400～ 1.000, Ü L.M»Ÿ“ ”¹0.806。 Ï, ¼˜ ¼½ ÖÕWL.M »Ÿ“ ”¥M–¹0.533～1.000, Ü L.M »Ÿ“ ”¹0.824; sl˜ ¼½ ÖÕWL.M »Ÿ“”¥M–¹0.533～0.667, Ü L.M »Ÿ“ ”¹0.600; ÒÁ˜ ¼½ ÖÕWL.M »Ÿ“ ”¥M–¹0.800～1.000, Ü L.M »Ÿ“ ”¹0.889;x˜ ¼½ ÖÕWL.M »Ÿ“ ”¥M–¹0.867～1.000, Ü L.M »Ÿ“ ”¹0.933;Öܘ ¼½ÖÕWL.M »Ÿ“ ”¥M–¹0.733～1.000, ÜL.M »Ÿ“ ”¹0.880;ë é˜ ¼½ ÖÕWL.M »Ÿ“ ”¥M–¹0.667～ 1.000, Ü L.M»Ÿ“ ”¹0.773;¥ ¼ Ë ÖÕWL.M »Ÿ“”¥M–¹0.733～1.000, Ü L.M »Ÿ“ ”¹0.926;ž ¼ˆ Ù ¼ Ë ¼½ ÖÕWL.M »Ÿ“ ”¥M–¹0.800 ～ 1.000, Ü L.M »Ÿ“ ”¹0.907。 1›¥、v } sl¥ s8DNAÐ ð ¼½ ÖÕµ“v¥µs,V üƒ ñ ÖÕMsÄ *,  ð S¥ ÖÕ。 ¼˜ ¼½ ÖÕ¥M »Ÿ“ ”M–Kv,V üƒñ ˘¥ ¼½ ÖÕ ÷ *,ÉÄ å N É。ô 48ñ ¼½ ¡ ÖÕ¥cpDNASSRs, V[ Až ¼½ ¡ ÖÕW Ù –iBç¥cpDNAMs,Œ L.1“ ¯ –“Í,ƒ ª ü s8DNA¥ oŸ„çŸ,Q˜  ¼½ ¡ ÖÕWyŒ ÔN¥Ä。®„þNTCP9_©žµ¥ ¼½ ¡ ÖÕcpDNAL.M »Ÿrž 1.000, è  A、†õv £、v½ ¼ÐB Ä©, ñ Ì V ’ LµL.M »¥ß,  s8DNA ¥µs¾„þ/‚ “z¥_©ž。 VnÇYVBÕs„þ ŸÉ›cpSSRùî±þ ÖÕW¥ Tø1“ ‚¥。[ ²TsV ü, ¼½ ¡ ÖÕW¥cpDNAµ Ú¥L.M »Ÿ,Œ9iBç¥L.µs9 1 g‡ ö© ¼½ ÖÕ÷ s8yFSSRùî53 „sÄ。  ˲T˜†Cµ¥s Ë“d,Œ¯ –iBç¥
 f ƒ, ª ü ¼½ ¡ ÖÕ¥L.ß1 ¯,w© ÉÄ、 ¡âVñÏ, û Ú¥†ŸL.知] H,µBç¥L.Ms,Œ®¿ s8DNA 祆 TL., V £U ÖÕW÷* ùBt¥ Tø1“。 6“,cpSSR¥ÖÕkY ï‚ ÂAFLP,Œ V4 s8y† TL.,¹ùî ¼½ ÖÕ¥ Tø1“4 ¥± „• I。Á† Yˆ 2ØÏ ö 3 ¼½ ö¥ B óÚý, 2Ø jvÐó\Ðý\¿ ö¬ q,óq  öÏS ¼½ùîϏ ° i öÚý、foö ©„k §Úý“ ¼½“ Ö HóÍ¥ £ fúù„¦û。• I Ó D[ 1] JURGEF.Geneticflexibilityofplantchloroplast[J].Nature,1999, 398115-116.[ 2] WOLFEKH, LIWH,SHARPPM.Ratesofnucleotidesubstitu-tionvarygreatlyamongplantmitochondrial, chloroplast, andnu-clearDNAs[J].ProcNatlAcadSciUSA, 1987, 84249 054-9 058.[ 3] CHENGYJ, GUOWW, DENGXX.cpSSRAnewtooltoan-alyzechlorplastgenomeofcitrussomatichybrids[J].ActaBotani-caSinica, 2003, 458906-909.[ 4] PLOMIONC, LEPROVOSTG, POTD, etal.Polencontamina-tioninamaritimepinepolycrossseedorchardandcertificationofimprovedseedsusingchloroplastmicrosatelites[J].CanadianJournalofForestResearch, 2001, 31101 815-1 816.[ 5] VIARDF, EL-KASSBYYA, RITLANDK.DiversityandgeneticstructureinpopulationsofPseudotsugamenziesiPinaceaeatchloroplastmicrosateliteloci[J].Genome, 2001, 443336-344.[ 6] FERRISFCR,KINGRA,HEWITTGM,etal.ChloroplastDNArecognizesthreerefugialsourcesofEuropeanoaksandsuggestsin-dependenteasternandwesternimmigrationstoKnland[J].Hered-ity, 1998, 805584-593.[ 7] ISODAK, SHIRAISHIS, WATANABES, etal.Molecularevi-denceofnaturalhybridizationbetween, AbiesveitdhiandA.homolepisPinaceaerevealedbychlorplast, mitochondrialandnuclearDNAmarkers[J].MolEcol, 2000, 9121 965-1 974.[ 8] JASONWL,MICHAELJH, SCOTTAJ, etal.Cytogenomicanalysesrevealthestructuralplasticityofthechloroplastgenomeinhigherplants[J].PlantCel, 2001, 13245-254.[ 9] KATOS,YAMAGACHH, SHIMAOTOY, etal.ThechloroplastgenomesofazukibeananditscloserelativesAdeletionmutationfoundinweedazukibean[J].Hereditas, 2000, 132143-48.[10] ROSAA, FRANCOISL, MARIAT, etal.Chloroplastmicrosatel-litepolymorphismsinVitisspecies.[J].Genome, 2002, 4561 142-1 149.[11] RICHARDGO,JEFFREYDP.ChloroplastDNAsystematicsAreviewofsanddataanalysis[J].AmerJBot, 1994, 811 205-1 224.[12] SCOTTNS, POSSINGHAMJV.ChangesinchloroplastDNAlev-elsduringgrowthofspinachleaves[J].JExpBot, 1983,341 756-1 767.[13]¢ç1, ÙTÝ,Û¡Ó. ¦ ÖÕSSRs¥„ùî[J].óq±þÐùî, 2003, 215444-448.[14] ´¿,f ,ô,ñ¹ ¦.SSRs0S¥ 7/ ŒùîÉZ[J]. 2 jÐ, 2002, 154106-109.[15]ñ W½, gZ,,©. s8DNA Ë ¥RFLP¥sÛÚB“dÐùîÏ¥‹¨[J].±þs ËÐ, 2000, 38297-110.[16]çu¬,  3, ›p. õ „k õ •8¥ s8±Ï’s[J].  SÐ, 2000, 36346-51.[17]f,â FÉ,Û ù ¥. ° ‹ ¾ •8¥ s8SSRs[J].L., 2004, 264486-490.[18] Ê ¨7. æ¨SSRkç £ŸŒÕ0B¥ùî[J].Õ0,2003123-25.[19] ®{ ù, d b,· .. 2l š、Ÿö7 3l š ôYl š s8DNAKÅŸ M ½m ö¥ùî[J].L., 1995, 1764-6.[20]· XÐ. 3þ ”Ð[M].Ø SÐñ, 1999.[21]ç .É.ÏS ¼½ ÖÕm½[M].ØÏS ñ, 1989.[22]¢î .±þs0Sð ØÐZE[M].É ìµ 2 SÐ/ Œñ, 2003.责任编辑 李 慧